学术不端查重是指检测学术论文中是否存在抄袭或剽窃现象的过程，通常通过专门的查重软件进行。而知网查重则是指利用知网等学术数据库进行文献查重，检测论文是否存在与已有文献相似的情况。两者的主要区别在于查重对象和方式不同。选择合适的查重工具需根据具体需求和情况来决定，一般来说，对于学术不端查重，可以选择专门的查重软件，而对于文献查重，则可以使用知网等学术数据库进行查找。

除了区别外，学术不端查重和知网查重在实际应用中还有一些其他的差异。比如，学术不端查重更注重对论文中的文字相似度进行检测，而知网查重则更注重对文献的引用和参考关系进行分析。在选择合适的查重工具时，还需要考虑到查重的准确性、速度、价格等因素，以便更好地保障论文的质量和学术诚信。