知网查重是指利用知网等专业文献数据库进行文献查重，主要用于检测论文是否存在抄袭现象。而学术不端查重则是对学术论文中可能存在的不端行为进行查重，包括抄袭、篡改等。知网查重更注重文献的原创性和学术性，而学术不端查重则更侧重于学术道德和规范。

此外，知网查重通常由学术机构或期刊编辑部进行，其目的是确保学术研究的严谨性和真实性；而学术不端查重则更多由学术道德委员会或相关机构负责，旨在维护学术界的正常秩序。因此，虽然两者都是对学术论文进行查重，但其侧重点和操作对象有所不同。