学术不端查重主要是用于检测学术论文中是否存在抄袭、剽窃等学术不端行为，旨在维护学术诚信和学术规范。通过比对学术论文与已有文献的相似度，可以有效识别学术不端行为，保障学术研究的真实性和可信度。

而论文查重则是指对提交的论文进行检测，主要是为了避免论文重复发表或者抄袭等情况的发生。通过查重软件对论文进行检测，可以及时发现论文中存在的问题，确保学术研究的独立性和原创性。因此，学术不端查重和论文查重虽然都是查重的一种形式，但在应用场景和目的上有所区别。