学术不端查重主要是针对学术论文、科研成果等文献的查重工作，旨在发现抄袭、剽窃等学术不端行为。而普通查重则更广泛，包括网页内容、商业文件等的查重。在处理方法上，学术不端查重更加严格，通常使用专业的查重软件，如Turnitin、iThenticate等，而普通查重则可使用免费的在线查重工具，如小木虫、石墨文档等。

另外，学术不端查重更注重文献的原创性和学术道德，对于相似度的容忍度更低；而普通查重更多是为了保护知识产权和商业利益，相似度较高时可能会有合法性的解释。总的来说，学术不端查重更加严谨和专业，而普通查重则更注重实用性和便捷性。